Юрий Петрович Трутнев родился 1 марта 1956 года в Перми в семье нефтяников.

После окончания средней школы в 1973 году поступил в Пермский политехнический институт, который окончил в 1978 году, получив специальность горного инженера.

Во время учебы при прохождении производственной практики работал в нефтегазодобывающих управлениях (НГДУ) "Полазнанефть", "Коминефть" помощником бурильщика, оператором по добыче нефти и газа.

С 1978 года — инженер, младший научный сотрудник ПермНИПИнефти.

С 1981 года по 1988 год работал в Пермском городском, областном комитете комсомола, областном спорткомитете.

В 1988 году Юрий Трутнев создал и возглавил физкультурно-здоровительное объединение "Контакт".

С 1990 года — генеральный директор предприятия "ЭКС ЛИМИТЕД", с 1996 года — президент АО "Э.К.С. Интернешнл", объединившего предприятия группы "ЭКС".

С 1994 года — председатель Комитета по экономической политике и налогам областного Законодательного собрания и депутат Пермской городской Думы.

В декабре 1996 года в первом туре одержал победу на выборах главы города Пермь. С 9 декабря 1996 года — глава города Пермь.

В декабре 2000 года в первом туре одержал победу на выборах губернатора Пермской области.

9 марта 2004 года Указом президента РФ был назначен министром природных ресурсов РФ.

12 мая 2008 года Указом президента РФ Юрий Трутнев был назначен министром природных ресурсов и экологии РФ.

21 мая 2012 года — назначен помощником президента Российской Федерации.

31 августа 2013 года стало известно, что помощник президента РФ Юрий Трутнев займет пост полпреда в Дальневосточном федеральном округе.

Имеет государственные награды: орден Почета (1998), Почётная грамота Правительства РФ (2006), медаль П.А. Столыпина II степени (2011). 

Женат, воспитывает пятерых детей.

Среди главных увлечений — спорт, автогонки, охота. Юрий Трутнев является обладателем 5-го дана каратэ кекушинкай.